As ameaças começam sempre pelo facto de haver uma enorme restrição nos que diz respeito a financiamento para a C&T. No entanto as principais ameaças que existem na Região são, por um lado a falta da organização aliada a uma grande falta de colaboração entre as entidades para se poderem montar projetos com capacidade e massa crítica suficientes para se poder obter financiamento com significado e por outro a inexistência de uma estratégia clara para a C&T. Se não houver uma estratégia clara que inclua as áreas a considerar estratégicas e que envolva todos os organismos quer públicos quer privados nunca será possível nem a obtenção de financiamento significativo nem a afirmação da Madeira como um Região forte em C&T.
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